Ca urmare a numeroaselor vicisitudini de pe parcursul timpului, care aveau să afecteze bunul mers la vieții bisericești de pe întreg cuprinsul Transilvaniei, renașterea și organizarea Ortodoxiei în orașul Aiud a putut fi înfăptuită efectiv abia după Marea Unire din 1918. Această restaurare s-a făcut în cadrul și planul de organizare a Eparhiei Ortodoxe a Clujului, plan conceput și pus în aplicare de Episcopul Nicolae Ivan. În amintirea faptului că în tinerețile sale, la anul 1893, fusese duhovnic la închisoarea din Aiud, în acest binevenit plan al Ierarhului clujean a fost cuprins și orașul Aiud. În scrisoarea trimisă întâiului paroh și apoi protopop al Aiudului, preotul Iosif Pop, Episcopul Nicolae Ivan scria: „Stimate părinte, am înființat parohie unde sper să facem și scaun protopopesc; aș dori să te institui administrator și profesor de religie... dacă te-ai decide să te muți în Aiud”. Astfel, avea să ia ființă Parohia Ortodoxa Română în orașul Aiud.
Prinos al dragostei creștinești, locașul de închinare a fost edificat între anii 1938-1957, prin strădania neobosită a protopopului Iosif Pop, parohul locului, grăind peste veacuri despre vrednicia și jertfelnicia credincioșilor ortodocși de pe aceste plaiuri. Începând cu data de 25 decembrie 1958, biserica a fost redată cultului divin, având loc în timp numeroase lucrări de reabilitare și înfrumusețare a interiorului și exteriorului locașului de închinare. Supranumită „Catedrală”, biserica se impune printr-o deosebită importanță artistică, fiind considerată lucrare de categoria I, având plan în formă de cruce, cu dispunere după axa SN, cu o suprafață construită de 640 mp la temelie.
Începând cu data de 1 noiembrie 1964, preot al comunității credincioșilor dreptslăvitori ai Parohiei Ortodoxe Aiud II a fost preotul Ioan Oniga, cel care a contribuit intens la obținerea a numeroase fonduri pentru pictarea bisericii, lucrare executată de profesorul Eremia Profeta între anii 1969-1973. Biserica, pictată în stil neobizantin și înzestrată cu mobilier specific ortodox, a fost târnosită la data de 27 octombrie 1974 de către Mitropolitul Nicolae Mladin al Ardealului, Crișanei și Maramureșului (eveniment de la care se împlinesc 46 de ani). În cadrul Sfintei Liturghii, diaconul Emil Gâlea, cel care avea să fie păstor al comunității credincioșilor ortodocși din parohia Aiud II între anii 1990-2017, a fost hirotonit întru preot pe seama parohiei Unirea I, protopopiatul Aiud. În prezent, la Altarul bisericii cu hramul „Sfinții Trei Ierarhi” din municipiul Aiud slujește părintele Ioan Bogdan, protopop al Aiudului, și părintele Mihai Ciurtin.
